R: começar

«R» designa uma linguagem de computador para estatística e com outros usos como qualquer linguagem de programação.

☞ «RStudio» designa uma «app» para Windows, Linux ou Mac, que junta ao R muitas ferramentas como editores, visualizadores, etc; o RStudio é um IDE (Integrated development environment).

instalar em windows

As etapas são:

  1. Instalar o R (biblioteca gigante, em código aberto, da funções estatísticas)

  2. Instalar o RStudio (apropriado para produzir relatórios com R; usamos a versão gratuita)

    • RStudio

    • Pode ser necessário, instalar o executável tirado da net, em modo administrador

Verificação

  1. Executar o RStudio no seu computador.

  2. Copiar o seguinte código R para a janela onde diz «console»; deve surgir um gráfico e uma tabela:

dados = read.csv("https://sweet.ua.pt/pedrocruz/dados/rolhas.csv")
str(dados)
#Construir caixas de bigodes comparativas
boxplot(N_A ~ CLASS, data=dados, pch=20, main="Caixas de bigodes comparativas", xlab=paste("Qualidade da rolha"), ylab=paste("n. total de defeitos"), col="lightgray")

Se a verificação falhar, ainda pode usar o R nesta página, até se resolver o problema.


Disfrute agora da capacidade de rapidamente criar relatórios de tratamento de dados com o RMarkdown:

RMarkdown

A expressão «RMarkdown» designa a combinação de duas tecnologias:

  • código «R» para cálculos estatísticos e gráficos;

  • código «Markdown» que serve para criar relatórios rápidos.

Etapas para testar:

  1. Criar uma pasta «bioprojetos» no seu computador.

  2. Abrir o RStudio

    • menu Session => Set Working Directory => Choose Directory

    • procurar e escolher a pasta bioprojetos

    • Em alternativa, pode mudar a opção em

      • menu Tools => Global Options => Default Working Directory

começar um projeto novo

  1. Abra o RStudio (se calhar está aberto)

  2. Abra um novo RMarkdown: File => New File => R Markdown

_images/bioprojeto-02.png

  1. Preencher os dados Title com algo apropriado, e o seu nome:

_images/bioprojeto-01.png

introduzir dados novos

Para introduzir dados novos, abra um novo ficheiro de dados:

> File => New File => R Markdown (2º rectângulo)

_images/bioprojeto-03.png

e grave o ficheiro como csv (ex.: robalos.csv, eleicao.csv, prokaryota.csv) na sua pasta «bioprojetos».

Importante

Recomenda-se que os nomes das colunas se devem evitar espaços » » e acentos como «áéí» (é possível mas complica um pouco). Usar o «.» para decimal e «,» para separar colunas também ajuda.

Veja estes exemplos:

tentaculos

comprimento

nr_ovos

area

ano2001

45

72.45

90

Aveiro

-13.2

40

81.12

84

Aveiro

-3.2

23

55.20

70

Águeda

3.2

32

48.19

64

Águeda

-1.24

em que o ficheiro csv tem este conteúdo:

"tentaculos", "comprimento", "nr_ovos", "area", "ano2001"
45, 72.45, 90, "Aveiro", -13.2
40, 81.12, 84, "Aveiro", -3.2
23, 55.2,  70, "Águeda",  3.2
32, 48.19, 64, "Águeda", -1.24

Se usar o Excel deve exportar ou gravar o ficheiro com «csv». Pode ser mais fácil de manusear os dados diretamente nesta ferramenta.

R: tutorial

lista

> x = c(1.2, 1.7, 2.1, 2.2, 2.3)
> x
[1] 1.2 1.7 2.1 2.2 2.3
>

data.frame

Traduzindo à letra: moldura de dados. Trata-se de uma coleção de colunas (tal como uma folha de cálculo) tendo as colunas nomes.

O seguinte comando produz um data.frame com uma coluna chamada comprimento e outra a idade. Estas colunas têm valores indicados por vetores c(…).

> dados = data.frame(comprimento=c(1.2, 1.7, 2.1, 2.2, 2.3), idade=c(10,20,10,12,13))
> dados$comprimento
[1] 1.2 1.7 2.1 2.2 2.3
> dados$idade
[1] 10 20 10 12 13

Para aceder aos valores de uma coluna usa-se a notação dados$comprimento ou, para o caso da idade, dados$idade.

projeto de ensaio

(em desenvolvimento uma nova versão deste material)

Pretende-se introduzir o R + RSTUDIO realizando um projeto de ensaio aguçando a curiosidade do que estará por trás de listas de números ou palavras.

Importante

Este projeto é inspirado no Ex. 1.11, do caderno de exercícios, sendo essa uma ideia a manter: que os projetos são representativos da matéria da UC.

  1. Criar uma pasta «bioprojetos» no seu computador

  2. Abrir o RStudio e a indicar a pasta de trabalho com as etapas:

    1. menu Session => Set Working Directory => Choose Directory

    2. procurar e escolher a pasta bioprojetos

  1. Transfira o ficheiro salinidade.csv para a sua pasta «bioprojetos».

  2. Transfira o ficheiro BioProjeto-aula-v2-latin1.Rmd para a sua pasta «bioprojetos».

  3. No RStudio, abra esse ficheiro: File => Open File

  4. Siga, agora, as instruções nele contidas.